操作系统：虚拟主机Linux使用Linux操作系统，而Windows虚拟主机使用Windows操作系统。

脚本语言：Linux虚拟主机通常支持PHP、Perl、Python等脚本语言，而Windows虚拟主机则支持ASP、ASP.NET等脚本语言。

数据库：Linux虚拟主机通常支持MySQL、PostgreSQL等数据库，而Windows虚拟主机则支持MS SQL Server等数据库。

安全性：Linux虚拟主机通常被认为比Windows虚拟主机更安全，因为Linux操作系统的安全性更高。

成本：Linux虚拟主机通常比Windows虚拟主机更便宜，因为Linux操作系统是开源的，而Windows操作系统需要付费授权。

可定制性：Linux虚拟主机通常比Windows虚拟主机更灵活和可定制，因为Linux操作系统具有更多的自由度和可编程性。