1.MySQL是关系数据库管理系统，是一个轻量型且开源、免费的数据库，适合个人网站及一些小企业的网站应用；而DB2是超大型数据库管理系统，与ORACLE类似，数据仓库和数据挖掘相当的不错，特别是集群技术可以使DB2的可扩性能达到极致。

2.MySQL默认使用大小写敏感的数据库名、表名和列名；而DB2数据库对大小写不敏感。

3.MySQL使用MVCC模型实现锁的并发控制，DB2使用内存模型实现了锁的并发控制，在并发处理、处理资源冲突上讲，MySQL的并发处理能力、锁冲突的方式上要优于DB2。

4.MySQL在集群方面也有非常多的解决方案，如Cobar、Atlas、Fabric、Amoeba、TDDL、Mycat而且可以进行定制或者进行二次开发，可根据业务需求进行灵活扩展；DB2在这方面目前只有PureScale一种解决方案，灵活性较差。

5.MySQL对复杂SQL支持较弱，在运行时可能会存在性能问题；DB2支持各种复杂SQL，多种jion方式。