1.安全性比较

php语言由于使用简单，可以很容易地进行修改；而java开发的程序由于自身特点，无法看到完整的源代码，只能看到一些编译好的类文件，所以安全性较高。php只能实现两层或三层的架构设计，而java可以实现多层架构搭建，因此Java开发的网站，系统也更加稳健，更安全。

2.网站后期升级比较

java因其架构建强大，可扩展性和前瞻性会比php强。但如果是一个小型网站，后期也没有想要以此为基础，只需要能快速升级，那么选择php会更合适，因为php开发快速。

3.开发周期和价格比较

从开发周期上来看，php的开发速度要远快于Java，PHP开发速度快，周期短，自然开发费用也比Java开发要低。

所以，选择php还是java建站，需要根据网站的需求进行选择的。