小程序API与原生功能的对接难度取决于具体的需求和开发人员的经验水平。一般来说，小程序提供了丰富的API接口，可以实现与原生功能的对接，例如调用相机、定位、扫码等功能。开发人员只需了解小程序的API文档和相关知识，即可实现对接。

然而，有些原生功能可能需要更复杂的处理，比如需要在小程序中调用底层系统接口或者与硬件设备进行交互。这时可能需要借助一些插件或第三方工具来实现对接，这会增加一定的难度。

总的来说，小程序API与原生功能的对接难度并不是很大，只要开发人员具备一定的开发经验和技能，就可以比较容易地实现。