修复网站虚拟主机空间漏洞需要采取一系列措施，以下是一些常见的修复方法：

及时更新系统和软件：保持网站的操作系统、Web服务器、数据库等软件更新到最新版本，以确保安全漏洞得到修复。

加强访问控制：限制对网站虚拟主机空间的访问权限，只允许授权用户访问和修改文件。

使用安全插件或软件：安装并配置Web应用程序防火墙、安全扫描器等安全工具，及时发现和修复漏洞。

检查和清理恶意文件：定期检查网站虚拟主机空间中的文件和代码，删除或隔离可能存在恶意代码的文件。

设置安全策略：配置安全策略，限制可执行文件、脚本等的运行权限，防止恶意程序的执行。

定期备份数据：定期备份网站数据，以便在发生数据丢失或被破坏时能够及时恢复。

加强密码安全：设置复杂且不易被猜测的密码，定期更换密码以提高账户安全性。

通过以上方法，可以有效修复网站虚拟主机空间漏洞，提升网站的安全性和稳定性。