要确保日本免费VPS服务器上的数据安全，可以采取以下措施：

使用强密码：确保服务器上的所有账户都使用强密码，包括管理员账户和其他用户账户。密码应包含字母、数字和特殊字符，并且长度不少于8个字符。

定期备份数据：定期备份服务器上的重要数据，以防止意外数据丢失。可以使用自动备份工具或者手动备份数据到外部存储设备。

加密数据传输：通过使用加密协议（如SSL或TLS）来加密数据传输，确保数据在传输过程中不被窃取或篡改。

更新系统和应用程序：及时更新服务器上的操作系统和应用程序，以修复已知的安全漏洞，防止黑客利用已知漏洞进行攻击。

使用防火墙：配置服务器上的防火墙，限制对服务器的访问，并阻止恶意流量进入服务器。

监控服务器活动：定期监控服务器的活动日志，及时发现异常活动，并采取相应的措施进行处理。

安装安全软件：安装并配置防病毒软件和漏洞扫描工具，定期扫描服务器以检测潜在的安全威胁。

通过以上措施，可以有效确保日本免费VPS服务器上的数据安全。