在Java中进行MongoDB分页查询慢的问题可以通过以下几种方式来解决：

索引优化：确保在进行分页查询的字段上建立了合适的索引，这样可以加快查询速度。

限制返回字段：在查询时只返回需要的字段，避免返回过多不必要的字段，可以减少数据传输的时间。

适当调整分页大小：根据实际需求和数据量大小，调整每页返回的数据量，避免一次性返回过多数据。

使用skip和limit方法：在进行分页查询时，使用skip和limit方法来限制返回的数据量和跳过的数据量。

使用聚合查询：对于复杂的查询需求，可以考虑使用MongoDB的聚合查询来提高查询效率。

分批查询：如果数据量较大，可以考虑分批查询数据，以减轻查询压力。

通过以上方式可以有效提高MongoDB分页查询的速度和效率，提升系统性能。