要在MySQL中迁移多个数据库，您可以按照以下步骤操作：

备份所有数据库：首先，您需要备份所有要迁移的数据库。您可以使用mysqldump命令来完成此操作。假设您有两个数据库db1和db2，您可以使用以下命令分别备份它们：

mysqldump -u username -p db1 > db1_backup.sqlmysqldump -u username -p db2 > db2_backup.sql

其中username是您的MySQL用户名。在执行这些命令时，系统会提示您输入密码。

将备份文件传输到目标服务器：将生成的db1_backup.sql和db2_backup.sql文件传输到目标服务器上的MySQL数据目录（通常是/var/lib/mysql）。

在目标服务器上创建新的数据库：登录到目标服务器的MySQL控制台，然后创建两个新数据库，例如db1_new和db2_new：

CREATE DATABASE db1_new;CREATE DATABASE db2_new;

导入备份文件：使用mysql命令将备份文件导入到新创建的数据库中。对于每个数据库，请执行以下命令：

mysql -u username -p db1_new < db1_backup.sqlmysql -u username -p db2_new < db2_backup.sql

其中username是您的MySQL用户名。在执行这些命令时，系统会提示您输入密码。

验证数据迁移：登录到目标服务器的MySQL控制台，然后使用USE语句选择新创建的数据库，并检查表中的数据以确保正确迁移。

更新应用程序配置：最后，更新应用程序的配置文件，使其指向新的数据库连接信息（主机名、端口、数据库名称等）。

完成上述步骤后，您应该已经成功地将多个数据库从源服务器迁移到了目标服务器。