在MySQL中，优化多个数据库可以从以下几个方面进行：

数据库设计优化：

为每个数据库选择合适的数据类型，以节省存储空间。使用范式减少数据冗余，但避免过度规范化导致查询性能下降。合理地使用外键约束，确保数据的完整性和一致性。

索引优化：

为经常用于查询条件的列创建索引，以提高查询速度。使用复合索引来优化多条件查询。定期分析和优化索引，以保持其高效性。

查询优化：

编写高效的SQL语句，避免使用SELECT *，只选择需要的列。使用JOIN代替子查询，以提高查询性能。利用MySQL的查询缓存功能，缓存常用查询的结果。

数据库结构优化：

将不常用的数据表分离到单独的数据库中，以减少单个数据库的负载。使用分区表来提高大型数据表的查询和写入性能。定期对数据库进行维护，如清理无用数据、优化表结构等。

服务器配置优化：

根据服务器的硬件资源和业务需求，合理配置MySQL的内存、缓存和连接数等参数。开启MySQL的慢查询日志，以便发现和优化低效查询。使用负载均衡技术，将请求分发到多个数据库服务器上，以提高整体性能。

监控和诊断：

使用监控工具（如Prometheus、Grafana等）实时监控数据库的性能指标，如CPU使用率、内存使用率、磁盘I/O等。定期分析慢查询日志，找出性能瓶颈并进行优化。使用诊断工具（如MySQLTuner、Percona Toolkit等）对数据库进行性能调优。

通过以上方法，可以有效地优化MySQL中的多个数据库，提高系统的整体性能和稳定性。