要确保PHP和MySQL数据库的安全，可以采取以下措施：

使用强密码策略：确保数据库用户使用复杂且难以猜测的密码，并定期更改。

限制访问权限：根据用户的实际需求分配最小权限，避免使用root用户连接数据库。

数据加密：对敏感数据进行加密存储，例如使用MySQL的内置加密函数AES_ENCRYPT()。

防止SQL注入：使用预处理语句（Prepared Statements）和参数化查询来防止SQL注入攻击。

更新软件：定期更新PHP、MySQL以及相关的软件库，以修复已知的安全漏洞。

使用防火墙：配置防火墙规则，限制对数据库服务器的访问。

监控和日志记录：定期检查数据库日志，以便及时发现异常行为并采取相应措施。

数据备份：定期备份数据库，以防数据丢失或被篡改。

使用SSL连接：在客户端和服务器之间建立SSL连接，以确保数据传输的安全性。

限制并发连接数：设置合理的并发连接数限制，防止恶意用户通过大量连接尝试破解数据库。

遵循这些最佳实践可以帮助您保护PHP和MySQL数据库的安全。