（1）5点不同

1.存储结构

MyISAM：每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。.frm文件存储表定义。数据文件的扩展名为.MYD(MYD)。索引文件的扩展名是.MYI(MYIndex)。

InnoDB:所在的表都保存在同一个数据文件中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间），InnoDB表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为2GB。

2.存储空间

MyISAM:可被压缩，存储空间较小。支持三种不同的存储格式：静态表（默认，但是注意数据末尾不能有空格，会被去掉）、动态表、压缩表。

InnoDB:需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。

3.事物支持

MyISAM:强调的是性能，每次查询具有原子性，其执行速度比Innodb类型更快，但是不提供事物支持。

InnoDB:提供事务支持，外部键等高级数据库功能。具有事务（commit）、回滚（rollback）和崩溃修复能力（crachrecoverycapabilities）的事务安全（transaction-safeACIDcompliant）型表。

4.CURD操作

MyISAM:如果执行大量的select,MyISAM是更好的选择。（因为没有支持行级锁），在增删的时候需要锁定整个表格，效率会低一些。相关的是innoDB支持行级锁，删除插入的时候只需要锁定该行就行，效率较高。

InnoDB:如果你的数据执行大量的insert或update，出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表。Delete从性能上Innodb更优，但deletefromtable时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除，在innodb上如果要清空保存有大量数据的表，最好使用truncatetable这个命令。

5.外键

MyISAM:不支持。

InoDB:支持。
（2）各种不同mysql版本的2者的改进
（3）2者的索引的实现方式