在FreeBSD系统上进行安全审计和漏洞扫描可以采取以下几个步骤：

使用安全审计工具：可以使用一些专门的安全审计工具来扫描系统漏洞和安全配置，例如OpenVAS、Nessus、Nmap等。这些工具可以帮助检测系统中存在的漏洞和安全风险，并提供建议和解决方案。

定期更新系统软件：及时更新系统及软件补丁是防止系统漏洞的重要措施。可以设置系统自动更新或定期手动更新系统软件，确保系统安全性。

配置防火墙：在FreeBSD系统上配置防火墙可以帮助过滤网络流量，保护系统免受网络攻击。可以使用pf或ipfw等防火墙软件进行配置。

审计系统日志：定期审计系统日志可以及时发现异常行为和安全事件。可以使用syslogd或其他日志监控工具来监控系统日志。

加强访问控制：合理配置用户权限和访问控制策略，限制系统访问权限。可以使用sudo、ACL等工具来管理用户权限。

硬化系统配置：根据最佳实践进行系统硬化，关闭不必要的服务和端口，限制系统访问，加强系统安全性。

通过以上步骤可以帮助在FreeBSD系统上进行安全审计和漏洞扫描，提高系统的安全性和稳定性。