在Linux系统上，可以使用以下方法来加密文件系统和保护数据：

使用LUKS（Linux Unified Key Setup）对整个磁盘或分区进行加密。LUKS是Linux系统上的一个标准加密工具，可以在分区级别对数据进行加密。可以使用工具如cryptsetup来创建和管理LUKS加密分区。

使用eCryptfs对文件或目录进行加密。eCryptfs是一个加密文件系统，可以在文件级别对数据进行加密。可以使用工具如ecryptfs-utils来创建和管理eCryptfs加密文件系统。

使用GnuPG对文件进行加密。GnuPG是一个开源的加密工具，可以用来对文件进行加密和签名。可以使用命令行工具如gpg来加密和解密文件。

使用SSL/TLS进行数据传输加密。对于需要在网络上传输的数据，可以使用SSL/TLS协议来加密数据传输。可以使用工具如OpenSSL来创建和管理SSL证书和密钥。

使用密码管理工具来管理加密密钥和密码。为了确保数据安全，可以使用密码管理工具如KeePass或LastPass来安全地存储和管理加密密钥和密码。

总的来说，在Linux系统上可以使用多种工具和方法来加密文件系统和保护数据，具体选择取决于数据的敏感程度和安全需求。