在Linux系统中，可以使用cp命令来复制文件夹并覆盖已存在的目标文件夹。使用以下命令：

cp -r /path/to/source /path/to/destination

其中，-r选项表示递归地复制整个文件夹及其内容。如果目标文件夹已存在，cp命令将覆盖该目标文件夹及其内容。如果要强制覆盖目标文件夹而不提示用户确认，可以添加-f选项：

cp -rf /path/to/source /path/to/destination

请注意，在使用cp命令来覆盖目标文件夹之前，请确保你了解自己正在做什么，因为覆盖操作将不可逆。