在Linux系统中，可以使用cp命令来拷贝整个目录文件。例如，要将一个名为source_directory的目录中的所有文件和子目录拷贝到另一个名为destination_directory的目录中，可以使用以下命令：

cp -r source_directory destination_directory

在这个命令中，-r选项表示递归地拷贝目录及其所有内容。这样就可以将整个目录文件拷贝到目标目录中。