解决Prometheus数据覆盖问题的一种方法是使用外部持久化存储来保存数据。通过将Prometheus的数据写入持久化存储，可以确保数据不会丢失或被覆盖。另外，还可以设置Prometheus的数据保留策略，以确保只保留需要的数据，并定期清理过期数据。

另外，可以考虑使用Prometheus的远程存储功能，将数据存储在远程数据库中，而不是本地存储。这样可以提高数据的可靠性和持久性。

最后，定期备份数据也是一种解决数据覆盖问题的方法。通过定期备份数据，可以在数据丢失或被覆盖时恢复备份数据。