Prometheus系统通过以下方式收集指标数据：

主动拉取：Prometheus会定期向被监控的目标服务发送HTTP请求，获取指标数据。

服务端推送：被监控的目标服务可以将指标数据推送给Prometheus服务器，Prometheus提供了一些客户端库来方便开发者实现服务端推送。

Exporter：Prometheus提供了一些Exporter组件，用来将不同的监控系统的数据转换成Prometheus可以识别的格式，比如Node Exporter用来收集主机级别的指标数据。

监控中间件：一些中间件如Kubernetes、Consul等也提供了与Prometheus集成的插件，可以直接获取指标数据。

总的来说，Prometheus系统通过多种途径收集指标数据，然后将这些数据存储在时间序列数据库中，供用户查询和分析。