要解决Tomcat运行jar包发生冲突的问题，可以尝试以下几种方法：

检查冲突的jar包：首先要确定哪些jar包发生了冲突，检查项目中使用的所有jar包版本，查看是否有重复或者版本不一致的情况。

手动排除冲突的jar包：如果发现了冲突的jar包，可以手动将其中一个版本排除掉，保留需要的版本。

使用Maven等构建工具管理jar包依赖：使用构建工具可以有效管理项目的依赖关系，可以通过配置来解决jar包冲突的问题。

更新jar包版本：如果可能，可以尝试更新冲突的jar包到最新版本，看是否可以解决冲突问题。

使用类加载器隔离：可以通过类加载器隔离的方式来解决jar包冲突的问题，使得不同的jar包使用不同的类加载器加载，从而避免冲突。

通过以上方法，可以有效解决Tomcat运行jar包发生冲突的问题，保证项目能够正常运行。