ITK-ITK简介-ITK资料

ITK

ITK 实例17 阈值水平集算法对脑部MHA文件进行三维分割 1 #include "itkImage.h"
2 #include "itkThresholdSegmentationLevelSetImageFilter.h"
3
4 #include "itkFastMarchingImageFilter.h"
5 #include "itkBinar

ITK 实例16 阈值水平集算法对脑部PNG图像进行二维分割 1 #include "itkImage.h"
2 #include "itkThresholdSegmentationLevelSetImageFilter.h"
3
4 #include "itkFastMarchingImageFilter.h"
5 #include "itkBinar

ITK 实例14 快速步进算法对脑部PNG图像进行二维分割 1 //包含用来从输入图像中去除噪声头文件
2 #include "itkCurvatureAnisotropicDiffusionImageFilter.h"
3 //这两个滤波器连在一起将产生调节描述水平集运动的微分

ITK 实例6 置信连接算法对脑部PNG图像进行二维分割 1 #include "itkConfidenceConnectedImageFilter.h"//包含置信连接类
2 //图像中存在的噪声会降低这个滤波器生长大面积区域的能力。当面对噪声图像时，通常
3 //是使

ITK 实例15 测量主动轮廓算法对脑部PNG图像进行二维分割 1 #include "itkGeodesicActiveContourLevelSetImageFilter.h"
2
3 #include "itkCurvatureAnisotropicDiffusionImageFilter.h"
4 #include "itkGradientMagnit

ITK 实例7 置信连接算法对脑部MHA文件进行三维分割　　在这个例子中使用前面例子中的代码，并设置图像的维数为 3 。应用梯度各向异性扩散来平滑图像。这个滤波器使用两个迭代器、一个值为 0.05 的 time step 和一个值为 3 的c

ITK 实例5 领域连接算法对脑部PNG图像进行二维分割 1 #include "itkNeighborhoodConnectedImageFilter.h"
2 #include "itkImage.h"
3 #include "itkCastImageFilter.h"
4 //使用 itk::CurvatureFlowImageFilter 在

ITK 实例13 ITK分水岭算法对PNG图像进行二维分割 1 #include <iostream>
2 #include "itkVectorGradientAnisotropicDiffusionImageFilter.h"
3 #include "itkVectorGradientMagnitudeImageFilter.h"
4 #include "

ITK 实例4 OTSU算法对PNG图像进行多阈值二维分割 1 #include "itkOtsuMultipleThresholdsCalculator.h"//包含头文件
2
3 #include "itkImage.h"
4 #include "itkImageFileReader.h"
5 #include "itkImageFile

ITK 实例12 置信连接对PNG向量图像进行二维分割 1 #include "itkVectorConfidenceConnectedImageFilter.h"
2 #include "itkImage.h"
3 #include "itkImageFileReader.h"
4 #include "itkImageFileWriter.h"
5

ITK 实例2 连接门限对脑部MHA文件进行三维分割 1 #include "itkConnectedThresholdImageFilter.h"//连接门限头文件
2 #include "itkImage.h"
3 #include "itkCastImageFilter.h"
4 #include "itkCurvatureFlowI

ITK 实例11 边缘保留平滑滤波对脑部MHA文件进行三维滤波 1 #include "itkImage.h"
2 #include "itkCastImageFilter.h"
3 #include "itkCurvatureFlowImageFilter.h"
4 #include "itkImageFileReader.h"
5 #include "itkImag

ITK 实例3 OTSU算法对PNG图像进行单阈值二维分割 1 #include "itkOtsuThresholdImageFilter.h"//Otsu分割头文件
2 #include "itkImage.h"
3 #include "itkImageFileReader.h"
4 #include "itkImageFileWriter.h"
5

ITK 实例10 边缘保留平滑滤波对PNG图像进行二维滤波 1 #include "itkImage.h"
2 #include "itkCastImageFilter.h"
3 #include "itkCurvatureFlowImageFilter.h"
4 #include "itkImageFileReader.h"
5 #include "itkImag

ITK 实例1 连接门限对脑部切片PNG图像进行二维分割 1 #include "itkConnectedThresholdImageFilter.h"//连接门限头文件
2 #include "itkImage.h"
3 #include "itkCastImageFilter.h"
4 #include "itkCurvatureFlowImage

ITK 实例9 孤立连接算法对脑部MHA文件进行三维分割 1 #include "itkIsolatedConnectedImageFilter.h"
2 #include "itkImage.h"
3 #include "itkCastImageFilter.h"
4 #include "itkCurvatureFlowImageFilter.h"
5 #inc

ITK 实例5 PNG图像进行不带滤波的二维梯度强度提取　　图像梯度的强度广泛地应用在图像分析中，主要用来帮助检测对象轮廓和分离均匀区域。 itk::GradientMagnitudeImageFilter 使用一个简单的有限差分方式来计算图像中每个像

ITK 实例7 MHA格式文件进行带滤波三维的梯度强度提取 1 #include "itkImageFileReader.h"
2 #include "itkImageFileWriter.h"
3 #include "itkRescaleIntensityImageFilter.h"
4 #include "itkGradientMagnitudeRecursive

ITK 实例8 孤立连接算法对脑部PNG图像进行二维分割 1 #include "itkIsolatedConnectedImageFilter.h"
2 #include "itkImage.h"
3 #include "itkCastImageFilter.h"
4 #include "itkCurvatureFlowImageFilter.h"
5 #inc

ITK 实例8 PNG图像进行不带滤波的二维导函数提取使用itk::DerivativeImageFilter来计算一幅图像的偏微分——图像沿一个特定的坐标轴方向上的微分。

1 #include "itkImage.h"
2 #include "itkImageFileReader.h"
3 #in

ITK 实例4 MHA格式文件进行三维非线性映射 1 #include "itkImage.h"
2 #include "itkImageFileReader.h"
3 #include "itkImageFileWriter.h"
4 //非线性映射滤波器头文件
5 #include "itkSigmoidImageFilter.h

ITK 实例6 PNG图像进行带滤波的二维梯度强度提取　　微分是对一个数字数据的不规则操作。实际中可以方便地定义一个执行微分的比例。在执行这样的滤波时使用一个高斯核被认为是最便捷的选择。通过选择一个特定的高斯标准差

ITK 实例3 从文件读取PNG图像 1 #include "itkImage.h"//图像类的头文件
2 #include "itkImageFileReader.h"//图像读取类的头文件
3 #include <itkPNGImageIOFactory.h>// PNG对应
4
5 int main

ITK 实例3 PNG图像进行二维非线性映射 1 #include "itkImage.h"
2 #include "itkImageFileReader.h"
3 #include "itkImageFileWriter.h"
4 //非线性映射滤波器头文件
5 #include "itkSigmoidImageFilter.h

ITK 实例2 创建图像(手动创建一个itk::Image类) 1 #include "itkImage.h"//图像类的头文件
2
3 //这个例子阐述了如何人为地创建一个 itk::Image 类，下面是对图像类进行实例化、声明
4 //和创建的最简单程序代码。

ITK 实例2 MHA格式文件进行三维线性映射 1 #include "itkImage.h"
2 #include "itkImageFileReader.h"
3 #include "itkImageFileWriter.h"
4 //线性映射头文件
5 #include "itkCastImageFilter.h"
6 #inclu

ITK 实例1 ITK环境测试 1 #include "itkImage.h"//包含图像类的头文件
2 #include <iostream>
3
4 int main()
5

ITK 实例1 PNG图像进行二维线性映射 1 #include "itkImage.h"
2 #include "itkImageFileReader.h"
3 #include "itkImageFileWriter.h"
4 //线性映射头文件
5 #include "itkCastImageFilter.h"
6

ITK 实例8 从缓冲器中输入图像数据 1 #include "itkImage.h"
2 #include "itkImportImageFilter.h"//包含 ImportImageFilter(图像像素数据导入缓冲器) 类的头文件
3 #include "itkImageFileWriter.h"

ITK 实例7 向量图像（将一个向量存储到一个图像像素中） 1 #include "itkVector.h"//向量类的头文件
2 #include "itkImage.h"
3
4 int main(int, char *[])
5 }; //First index at
15 const ImageType::SizeType size

ITK 实例6 RGB图像像素色彩成分的访问 1 #include "itkImage.h"
2 #include "itkImageFileReader.h"
3 //为了使用 itk::RGBPixel 类，包含头文件
4 #include "itkRGBPixel.h"
5 //在 ITK 中如何表示 RGB 图

ITK 实例5 定义图像原点和间距 1 #include "itkImage.h"
2
3 // Function to simulate getting mouse click fr an image
4 static itk::Image< unsigned short, 3 >::IndexType GetIndexFrMou

ITK 实例4 访问像素数据 1 #include "itkImage.h"
2 //这个例子阐述了 SetPixel( )和 GetPixel( )方法的用法
3 //可以直接访问图像中包含的像素数据
4 int main(int, char *[])
5 }; //Size

SimpleITK 获取二值图像bbox 1 sitk_ seg_ img = sitk . ReadImage( m )
2 bbox =get_ bbox_ fr mask(sitk_ seg_ _img)
3
4 def get_bbox_fr_mask(bin_mask):
5 # One is : sitk.LabelShape

ITK 最大圆度连通域提取最大圆度概念：
圆度计算(Circularity,Roundness)

1 Roundness = (4 * CV_PI * Area) / (Perimeter * Perimeter )
2 double getRoundness(std::vector<cv::Point> contour)

ITK 分割后处理，填补孔洞深度学习分割结果可能有误分割的部分，包括孔洞、赘余、多连通域等。
下面的例子是孔洞的样例。

常识告诉我们，这个器官内部是没有孔洞的，因此，我们通过后处理的方法把它填上,可

SimpleITK 重采样数据到固定尺寸1、resampleSize
这个重采样不是重采样Spacing ，却是重采样size，为了达到所有的数据一致的size
例如：(880, 880, 12) 采样统一的（880，880，16）
因为假如3DUnet网络数据设置了输入格

SimpleITK 图像配准SimpleITK 图像配准

在网上找的资源，效果不佳，等清楚了函数和原理再细改，调试效果。

1 # * coding : UTF8 *
2 # @file : regist.py
3 # @Time : 20211112 17:00

ITK 高斯混合模型 GMM EM1、高斯混合模型
　　sklearn.mixture是一个能够学习高斯混合模型、抽样高斯模型和从数据中估计模型的包。同样，也提供了帮助决定正确组件数量的方法。
　　一个高斯混合模型

SimpleITK 三维图像分析1、去除3D 小连通域
　　在一些计算机视觉任务中，需要对模型的输出做一些后处理以优化视觉效果，连通域就是一种常见的后处理方式。尤其对于分割任务，有时的输出mask会存在一些

ITK 旋转方向位置不变这个表达式看起来就是点的平移公式。

1 # * coding : UTF8 *
2 # @file : resample_change_direction.py
3 # @Time : 20220214 16:19
4 # @Author : wmz
5

SimpleITK 读写nii.gz文件1、读写nii.gz文件

1 ## using simpleITK to load and save data.
2 import SimpleITK as sitk
3 itk_img = sitk.ReadImage('./nifti.nii.gz')
4 img = sitk.GetArray

ITK 计算 EuclideanDistance1、代码

1 #include "itkImage.h"
2 #include "itkImageFileReader.h"
3 #include "itkSignedMaurerDistanceMapImageFilter.h"
4
5 #include "itksys/SystemTools.h

SimpleITK 图像对齐1、使用SimpleITK对齐图像
在看voxelmorph的代码，看到图像对齐部分，记录一下。
下面是从voxelmorph项目中截取的一段保存图像的函数。
函数输入分别是：配准后的图像、固定图像

ITK 计算质心　　通过LabelGeetryImageFilter可以求Label Image各个区域的质心和BoundingBox。然而，如果图像的spacing不是1，它并不会考虑进去，因此得到的结果并未我们所愿的。针对这个问题

ITK 简单使用第一个ITK程序
1、CMakeLists.txt

1 # This is the root ITK CMakeLists file.
2 cmake_minimum_required(VERSION 3.10)
3
4 # This project is designed to be bui

ITK 基于C++和ITK获取3D医学图像的最大连通区域1、代码

1 #include "itkConnectedCponentImageFilter.h"
2 #include "itkImage.h"
3 #include "itkImageFileReader.h"
4 #include "itkImageFileWriter.h"
5 #inclu

SimpleITK 读取医学影像文件SimpleITK
ITK是一个开源、跨平台的框架，提供给开发者增强功能的图像分析和处理套件（推荐使用）。
Note:注意SimpleITK不支持中文，即路径中不能有中文
X射线图像对应的读取

1 #

ITK cmake 添加多个基于ITK的可执行文件1、CMakeLists.txt

1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8 FATAL_ERROR)
2 project(testfilter)
3 set(ITK_DIR D:/ProgramFiles/ITK5.2/lib/cmake/ITK5.2)
4
5 FIND

ITK 连通域分析连通域

一个区域D中，任一闭曲线所围区域，都属于区域D，称为“单连通区域”。
连通域形状分析

创建二值图像

1 using ImageType = itk::Image<unsigned char, 2>;
2
3 Im

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